המערכת ההידראולית המורכבת מנוקה בשיטת מחזור. ניתן להשתמש במיכלי מערכת הידראולית ובמשאבות הידראוליות בהתאם לנסיבות הספציפיות, גישה למסנן שמן ברמת דיוק גבוהה עם קיבולת לכלוך גדולה, אך ניתן להשתמש גם בהתקני ניקוי מיוחדים.
מכשיר הניקוי מורכב ממשאבות הידראוליות, מכלים, תנורי חימום ומסנני שמן ורכיבים אחרים. מסנן השמן של מכשיר הניקוי נדרש להיות בעל דיוק סינון גבוה מספיק (3-5מיקרומטר דיוק מוחלט) ויכולת החזקת לכלוך. ניתן להשתמש במסנני שמן בעלי קיבולת גבוהה כפולים במערכות גדולות להחלפת אלמנטים מסננים מבלי להפריע לעבודת הניקוי.
עבור מערכות מורכבות ניתן לחלק אותם למספר חלקים או מעגלים ולנקות אותם בנפרד. עבור חלקים הרגישים לזיהום או בעלי מהירות מוגבלת לזרימת הנוזל, יש לנתק חלקים אלו מהמעגל במהלך תהליך הניקוי ולחבר את המעגל באמצעות מעקף.
ניקוי המערכת נעשה בדרך כלל עם נוזלים בעלי צמיגות נמוכה ובקצב זרימת הנוזל הגבוה ביותר האפשרי על מנת לשמור על מערבולות מספקת בתוך מעגלי המערכת.
ניקוי במידה מסוימת, הרכיבים המנותקים המחוברים למערכת, ממשיכים לניקוי מחזורי, עד ששמן המערכת יעמוד בדרישות המפורטות.
